Многолетнее лекарственное растение высотой от 30 до 100 сантиметров, но в нашей полосе чаще всего встречаются растения высотой до 60 см.
Имеет несколько гладких, круглых стеблей с двумя боковыми ребрами. Верхняя часть растения ветвистая, листья продолговато-яйцевидной формы около 1-3 сантиметров в длину.
И особенно важно то, что явной отличительной чертой зверобоя продырявленного является наличие большого количества железок (отверстий) на листьях, заметить это можно посмотрев на свет через лист, у других же схожих видов данного растения эта особенность отсутствует.
Цветет зверобой золотисто-желтыми цветами, состоящими из пяти лепестков, собранными в соцветия, если сорвать цветок, то из него будет выделяться красный сок.
